明末的瘟疫接连不断，很多人都清楚所谓的疙瘩瘟是何物，这是一种可怕的瘟疫，在大明多处地方盛行。
崇祯十三年时，顺德府、河间府和大名府均有这种大疫，并且是烈性传染病的流行，瘟疫传染，人死十之八九。
崇祯十四年时，疫情进一步发展，在大名府盛行，人死十之五六，岁大凶，死亡人口的比率相当高，朝发夕死，至一夜之内，百姓惊逃，为之空城。
自去岁七月起，这种疫疾随李自成的军队到处传染，称为“疙瘩病”，时人记载：“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五，至春间又有呕血者，或一家数人并死。”
听闻疙瘩病的情况，朱慈烺思索良久，忽然灵光一闪，惊呼出声：“鼠疫！”
这“疙瘩”应该便是对腺鼠疫患者的淋巴结肿大的称呼，患者的身体肢节间会突生一个“小瘰”，接着“饮食不进，目眩作热”，还会呕吐出“如西瓜败肉”的东西。
只要一人被感染，全家都会被传染，甚至有的“阖门皆殁”，不分贵贱长幼，全家死绝。
鼠疫最可怕的地方是，死亡在一瞬间发生，根本来不及诊断和治疗！
后世谈之色变的艾滋病、非典型肺炎、武汉肺炎冠状病毒均属于乙类，而明末的鼠疫属于甲类急性传染病，几乎没有什么潜伏期，致死率非常的高，呼病即亡，一地动辄死亡万人。
朱慈烺清楚，历史上明朝后期鼠疫横行，比较严重的有万历八年、万历十四年、还有明末的几年，造成十室九空，惨不忍睹，甚至京师的九门“日出万棺”。
《崇祯实录》记载：“京师大疫，死亡日以万计。”
尽管缺乏准确的统计数据，但从史料记载说明，当时的大瘟疫，势态极其严重，北京城死亡率大约为40%，甚至更多！
到了死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收殓的地步。
得知是鼠疫，朱慈烺哪里还敢往上凑，急急带上随行太医准备的口罩等物离开了军营。
回到中都禁垣，朱慈烺立即召集凤阳城中所有将官议事，启动紧急预案。
朱慈烺先是询问了解了一番前线将士的情况，高热呕吐之人是否多？杨御蕃不敢隐瞒，一一回答。
好在安武军中的医疗兵意识到了瘟疫有着极强的传染性，早在军中对感上瘟疫的士兵进行了隔离。
这种预防瘟疫的措施是中国古代行军中常见的方式，事实证明也很有效，否则一支军队只要有一人感染鼠疫，就会自动全军覆没了。
朱慈烺当即下令，前线的安武军全面筛查，对感染鼠疫的士兵进行强制隔离。
他依旧不放心，又从天雄军调了五千人马作为防疫兵，开赴前线防疫，敢有不听安排违抗命令者，一律格杀勿论！
凤阳府境内的所有《皇明时报》分社全力印刷宣传防御鼠疫之事，同时还登载了吴又可所写的《瘟疫论》。
崇祯十年时，凤阳府设立的环卫部门立时投入了运作，对凤阳府进行了全面的大扫除，大规模消灭老鼠，焚烧深埋。
凤阳府是朱慈烺最早的底盘，无论建设还是组织力度，都是非常不错的，如今皇太子亲临凤阳，又亲自发出告知，日子渐渐变好的百姓们自然积极响应。
一时间，整个凤阳府各大街小巷全部行动了起来，一个个带着口罩的军人或是百姓，清理垃圾并沿街撒着石灰。
二月底，江南各省开始上报，言当地出现了鼠疫患者，朱慈烺急急返回南京，主持大局。
途中，他命人以八百里加急传召各地巡抚，还有吴又可等名医入京，商议防疫诸事。
一回到南京，朱慈烺便召开了朝会，当庭成立环卫部，破格任命吴又可为尚书，主管防疫。
朝会上，经过众人商议后，朱慈烺下达了一系列政令：
一、设立隔离区域，控制瘟疫传播。
朱慈烺下令封锁长江，禁止北方人员南下，同时对靠近长江的各府州县进行封城、封路，各关隘路口以军队防守。
朱慈烺治下的江南数省之地，早已恢复加强了里甲制，在层层的监控下，可以轻易发现患病之人，然后强制措施进行隔离。
明朝不如后世，人口流动有限，一地死绝都扩散不广，鼠疫是从北方传过来的，只要执行得力，做好防护，江南数省应该不会成为重灾区。
然而北方数省，里甲制早已崩坏，多是乡绅自治的局面，若想隐瞒太容易了，这让朱慈烺颇为头疼。
二、全面灭鼠，加强各地卫生管理，不可随便放置垃圾，但凡弃灰于道者，便被处以罚款或杖刑，衣冠不整面容不洁者同样有处罚！
三、消毒处理，预防瘟疫扩散传播，在各地使用醋或者石灰进行处理，凡入城者，其乘车和马具均需经过火燎烟熏以消毒防疫。
四、针对患者运用草药、针灸等手段积极诊疗。
根据吴又可的研究发现：一般鼠疫潜伏期大概是二到八天，起病急骤，有明显的畏寒、发烧，还有其他毒血症的症状，只要措施得当也能有效控制疫情。
但如果是败血性鼠疫来说，潜伏期的时间更短，一般几个小时就可能病发！
在一系列的操作下，防疫治瘟诸事进行顺利。
然而疫情仍然来势凶猛，远比想象的要厉害，一月时间，各地呈报上来的死亡人数触目惊心。
临近长江的安庆府和庐州府相继被鼠疫攻陷，庐州府每天死亡人数高达三百多人，民有绝户，繁华大街如同静夜，无人行走。
不止南直隶，浙江、山东、北直隶，感者尤多，或至阖门传染，且传播速度非常迅速！
经过锦衣卫的暗访调查，加上当地衙门反馈的情况来看，导致疫情泛滥的原因最主要的是隔离困难。
军队中尚且好控制，然而寻常地方的生活中，隔离工作非常困难！
即便是不识字的百姓，也讲究孝道、礼尚往来诸理，家中有长辈患病，作为晚辈自然要早晚守在榻前，日日请安照顾、汤药服侍，在没有医用外科和N95口罩的年代，这样必然被传染了。
同样的，晚辈患病，父母长辈更是伴在左右，不敢离开须臾。
还有亲朋好友之间结婚，或是办理丧事，这种大型聚会的场所，传染更盛，往往全家死绝，甚至全族数百人全都感染殒命！