明军攻克了江宁城，江南原本就是反清复明义士辈出之地，城内百姓很多都是心怀故国，并不认可清廷统治的明朝遗民，当明军入城之后，城内百姓欢呼雀跃，痛哭流涕者处处皆是，更有不少原本被清廷招募当了民壮的青壮年踊跃参军，加入明军。
原本被驱赶出江宁城，被赶到镇江等地的原江宁城内的妇孺老弱纷纷返回江宁。江宁各大城门口，返回江宁的百姓如潮水一般涌来，迫不及待的要回自己的家乡。
由于耿精忠当了内应，明军攻下满城也是不费吹灰之力就拿下了满城。麻勒吉、喀喀木和玛尔赛等满八旗将领被耿精忠用鸿门宴铲除，满城里面的满蒙八旗各自为战，很快就被明军各个击破。当满城落入明军手中的时候，残存的满蒙八旗一部分向明军投降，还有不少满蒙八旗分散抵抗。
满城内的旗人妇孺老弱也早就转移去了江北，因此耿精忠对那些尚在抵抗的满蒙八旗兵、满蒙老头子和满蒙少年展开屠杀的时候毫无压力。
明军攻入满城，在投诚的靖南王府汉八旗兵的率领下，开始清剿满城内的残存势力。只要不肯主动出来投降的，明军冲入那些旗人的家中大开杀戒。
城内能打的满蒙八旗青壮年，基本上都在守城战中损失殆尽了，那些满蒙精锐，大部分都是被南洋海军陆战队的线膛枪击毙的。退入内城负隅顽抗的，都是老胳膊老腿的老头子和还没长成人的少年。就凭借这些人，又如何抵挡得住明军的剿灭。
明军士卒在满城内挨家挨户的搜索，不时有满蒙八旗的老头子和少年被明军从屋子内搜了出来。对这些不肯主动投降的旗人，耿精忠毫不留情的下令，把他们全部就地斩杀。
虽有少数负隅顽抗的满八旗老头或者少年给靖南王府兵造成一定的损失，不过他们给明军造成的损失微乎其微。明军冲入屋内，有些老头或者少年躲在里面射出箭支，可是他们射出的箭支疲软无力，对身披重甲的靖南王府兵几乎无法构成威胁。
靖南王府兵冲入屋内，挥刀砍下了抵抗者的头颅。
满城内，遍地死尸，鲜血染红了青石条地面。成群结队的满蒙八旗老头和少年被明军从大街两边的房屋内押了出来。这些不肯主动走出来投降的旗人，都被视为抵抗者，耿精忠冷酷无情的下令，把他们押在大街上，当场砍下脑袋。
明军宣布不主动出来投降的视为负隅顽抗之后，就有不少旗人主动走出屋子投降。
经过一整个白天的搜捕，耿精忠屠杀了三分之二留守的旗人，剩下的三分之一旗人投降，满城总算是完全控制在明军手中。
张煌言宣布，把江宁城的名称改回原来的南京城，这座被满清占领了二十年之久的千年古城，再一次回到大明手中。南京城内外，到处飘扬着大明的旗帜。
明军攻占了南京城的消息传到湖广战场上，明军士气大振，而清军的士气跌落到极点。由于清军下游的安庆已经收到明军威胁，图海、彰泰等人提出，要派兵顺流而下，保护安庆的安全，并尽可能夺回江宁。可是湖广清军的兵力也不充足，用来抵挡从湖南北伐的明军已经是很勉强了，又怎么可能分兵去救安庆呢？
目前湖广清军面临腹背受敌的窘境，清军除非能全力出击，在湖广战场大胜一场，否则粮草囤积地安庆受到下游明军的威胁，湖广清军军心不稳，而且一旦安庆丢失，湖广清军就会断绝粮草，被东西两路明军围困，最终弹尽粮绝而遭到惨败。
可是清军有能力全力出击，在湖广战场上速战速决吗？明显是不可能的事情，清军能够依托工事，勉强守住湖广就很不错了，又谈何主动进攻？主动进攻，不是找死？
江宁城落入明军手中的消息，通过漕运总督衙门八百里加急，送到京城。在湖广清军主帅鳌拜得到江宁失守的消息之前，京城的布木布泰和康熙等人都已经得知了江宁落入明军手中的消息。
“江宁失守，漕运线被切断！南方的粮食再也无法运到北方了！”京城的旗人都在传递这个坏消息。
原本湖广是天下粮仓，即便是湖南失守，但是以武昌为中心，到北面的襄阳，到西面的夷陵，到东面的九江，仍然是产粮区，这些地方生产的粮食还是足以保证京城旗人铁杆庄稼的需求。可是江宁落入明军手中，运河漕运就被彻底切断。
当年的江淮一带，可不是产粮区，江淮一带因为黄河改道，淮河泛滥等历史因素，江淮一带一直是低洼的沼泽和盐碱地，粮食产量并不高，仅仅依靠江淮的粮食，根本就无法满足京城铁杆庄稼的需求。
而湖广一带的粮食要送往北方，需要沿着长江航线顺流而下，进入下游，再走运河，方可送到京城。江宁失守，明军舰队卡住了长江航线，漕运线就彻底切断。
这种情况下，清廷京城的粮食就只能依靠陆路运输了。
从襄阳到京城，走陆路运输，只能是用骡马拉着车把粮食送到黄河边，再用黄河船只运输到运河，然后运往京城。这样的运输线路成本极高，运力又很低，运输的粮食根本就无法满足京城需求，更何况，武昌、九江、南昌、襄阳等地都已经不稳固，明军随时可能攻克湖广全境，完全控制住粮食。
一时间，京城粮价暴涨，旗人们人人自危，拼命囤积粮食，还有人甚至打算退回关外。总之先囤积粮食，再考虑回关外，那样回到关外之后才不会饿死。
清廷的局势岌岌可危，布木布泰紧急召集了苏克萨哈、索尼、遏必隆、黄机、纳兰明珠、马尔赛、米思翰、苏纳海、王熙、黄锡衮等一干重臣，商议应对之策。
苏克萨哈上奏道：“老佛爷，奴才以为，我军应当从关外调遣八旗入关！只有关外精锐八旗方可抵挡明狗！此外，我们还能想方设法同罗刹人谈判，向罗刹国借兵！”