诊断家畜传染病的常用方法：临床综合诊断、实验室诊断。
临床综合诊断：临诊诊断、流行病学诊断、病理学诊断。
实验室诊断：组织病理学诊断、微生物学诊断、分子病原学诊断、免疫学诊断。
(二)实验室诊断
1、组织病理学诊断：观察组织学病变，有些疫病引起的病变不明显；有些疫病具有相同的解剖变化，肉眼难作出判断。
2、微生物学诊断：
1病料的采集：采集哪些组织器官，采集方法；
2病料涂片、镜检：抹片，触片，特征形态； （巴氏杆菌，链球菌等)
3分离培养和鉴定：培养基，鸡胚，细胞等分离，再鉴定；
4动物接种试验：选择最敏感的实验动物进行人工感染试验，小鼠，豚鼠，家兔等，剖检观察，分离鉴定。
(口蹄疫能够致死7~9日龄乳鼠，猪水泡病不会)
3、免疫学诊断
1血清学实验：凝集试验、血凝和血凝抑制试验、中和试验、沉淀实验、免疫荧光试验、免疫酶试验ELISA等。
2变态反应：某些动物传染病(慢性传染病)，可对该病病原体或产物的再次进入产生强烈的反应，即变态反应。
变应原(病原体或抽提物)，如结核菌素、鼻疽菌素等。(青霉素试敏)。
4、分子病原学诊断
pcR技术、核酸探针技术、dNA芯片技术等。
诊断结果的判定：
1、在个体水平上判定
1将个体水平的结果与标准或“规范”进行比较；
2与群体结果进行比较，利用诊断的敏感性和特异性计算该结果的阴阳性预测值；
3可以将动物自身急性感染期和恢复期的血清检测结果进行比较，观察是否发生显着变化，转阳(2~4周抗体滴度发生2~4倍的变化)；
4病原的疫苗株与田间流行株免疫应答的差异进行比较。
2、在群体水平上的判定
有临床症状的动物与相同管理条件下无临床症状的动物急性比较分析；
对患病群体和无病群体的检测结果(如特异性抗体应答或滴度水平)进行统计比较，可用来评价病原与疾病的相关性及疾病发生的风险。
(三)样品的采集和运输
1、样品的采集
正确采集和处理样品是检测过程的一个重要环节，决定着诊断的准确性和可靠性，常常被低估。
对外来动物疫病的准确反映和控制措施依赖于妥善的样品采集和保存；
感染早期：应采集病毒复制或排毒部位，呼吸道、鼻咽、粪便、肛拭子。
上皮病变：应采集液体或刮屑。
菌血症和毒血症：应采集血液。
活检或尸检：选择恰当的器官或组织。
采集的样品要具有代表性，做好样品标识。
最佳诊断样品不一定非要取自感染动物，某些情况下环境样品可能更为有效(水、饲料、垫料等圈舍物料)。
样品的保存同样重要，保存方法因样品和检测的目的而异。
1为防止细菌和真菌过度生长，并降低酶解速度，建议将样品低温和潮湿条件下保存，但过度低温产生的冰晶可能会破坏有机体或组织的结构。
2病毒样品的采集可以加入抗生素和蛋白质，以满足病毒分离的需要，尽量保持低温。
3需要固定的组织样品，则需要保存在10%的甲醛溶液中。
2、诊断样品的运输
非管制样品：不含感染因子的诊断样品，只需标注“无害样品”即可寄送。
管制样品：可能含有感染性物质的样品，必须进行适当的分类和标记。分为A和b两类(美国标准)。
A级物质：一旦暴露，能导致健康的人或动物发生永久性残疾、危及生命或致死疫病。此类样品多数不需要寄送。此类样品运输需要进行特殊的三层包装，贴上标签，并附上相关文件。
A类物质包含两类：
UN2814--感染人和动物的感染性物质
UN2900--只感染动物的感染性物质
b类物质：包装必须表明“生物物质，b级”
三、消毒、杀虫、灭鼠、防鸟
(一)消毒：是用物理、化学及生物学等不同的方法消灭被传染源散播于外界环境中的病原体，以切断传播途径，防止传染病蔓延。
预防性消毒：结合饲养，对畜舍、用具、饮水等定期消毒，达到预防一般传染病的目的；
随时性消毒：发生传染病时，及时消灭病畜排出的病原体而采取的消毒措施；
终末消毒：患病动物隔离、痊愈或死亡后，对可能残留的病原体所进行的消毒。
分类(根据作用机制)：
1凝固蛋白质和溶解脂肪类：甲醛、来苏儿、克辽林
2溶解蛋白质类：如氢氧化钠、石灰等；
3氧化蛋白质类：如高锰酸钾、过氧化氢、漂白粉、过氧乙酸等；
4与细胞膜作用的阳离子表面活性消毒剂：如新洁尔灭、洗必泰；
5对细胞发挥脱水作用的化学消毒剂：如乙醇等；
6与疏基作用的化学消毒剂：如重金属盐类(升汞、红汞等)；
7与核酸作用的碱性染料：如龙胆紫(结晶紫)；
8其它类：如戊二醛、环氧乙烷等。
常用化学消毒剂：酚类、醇类、酸类、碱类、氧化剂、卤素类、重金属类、表面活性剂、染料类、挥发性烷化剂类等。
氢氧化钠(苛性钠、烧碱)：污染的畜舍、地面和用具等。
石灰乳：氧化钙+氢氧化钙，然后用水配成10%~20%的混悬液用于消毒。随配随用，适于粉刷墙壁、圈栏、消毒地面、沟渠和粪尿等。
漂白粉：消毒作用，与有效氯含量有关。其有效氯含量一般为25%~30%之间，但有效氯易散失，故应将漂白粉保存于密闭、干燥的容器中，放在阴凉通风处。
漂白粉常用浓度1%～20%。一般用于畜舍、地面、水沟、粪便、运输车船、水井等消毒。对金属及衣服、纺织品有破坏力，使用时应加注意。有轻度的毒性，使用浓溶液时应注意人畜安全。
氯胺：性质稳定，可用于饮水消毒(0.0004%)等。