经过祖孙两人的深入探讨后，初步达成的协议如下：
首先是对本次征伐建州的文臣和武将们进行封赏。
像杜松这样的总兵，是没法在实际官职上再升了，只能加五军都督府的都督头衔，然后再加太子少保这样的荣誉头衔。其他的副将、参将等，基本都官升一级。
而殉国的柴国柱、张承荫等，自然是追晋一级并发给较为优厚的抚恤。
有新的军官晋升，就有老的军官退出。在这一年，大同总兵麻贵、四川总兵刘綎，都因为年龄原因致仕了。
在他们的接任人方面，原辽阳副总兵李如柏升任大同总兵。原横海卫指挥使麻承诏接任四川总兵。原宽甸卫指挥使萧伯芝出任辽阳副总兵。而作为太孙殿下耗费心血最多的两支卫所军，新的两位指挥使都是太孙钦点：出任宽甸卫指挥使的是刘綎的义子刘招孙，新的横海卫指挥使则是曹文诏。
本次征伐辽东的两位文臣，杨镐挂兵部尚书衔，出任蓟辽总督。而熊廷弼则是被调到了云南做巡抚——陈时济可比不上孙承宗，他一个人是罩不住木邦、孟养玉矿产业的。而且此时的暹罗已经开始发力了，大明必须提前在南方做好准备。
出于这个原因，宽甸卫全体战兵更是直接转换军籍到了云南：西南和东北的气候可完全不同，这些辽东汉子得提前去适应。
军官和文臣的封赏相对比较简单：官位的提升就能让很多人心满意足。但是对于普通士兵的赏赐，便是连朱由栋这样的土豪也感到肉痛。
大明以前的规矩：军功只算首级，作为普通一兵，你在战场上拿到首级后有两个选择，其一，升军官（得有空职位）。其二，得赏银。按照明代中后期的价格，一般是一个首级五十两。
这个制度在当时其实有一定的合理性。
因为长期拖欠军饷，导致各级军官为了保持战斗力，不得不把有限的资源拿来保证家丁。所以明朝各军镇往往是号称有多少万战兵，但真正能打的家丁也就是号称数量的几十分之一甚至百分之一。所以一场战斗下来，能有几百个首级都是难得的大捷。一个脑袋五十两，一次大捷也就是支付个几千万把两，这么算起来并不是太贵。
而这一次，大明官军们一共拿到了近两万个建州女真的首级……
虽说朱由栋在本次出战前就已经说好，战时不准割首级，战后统一评定。但无论如何，最终大家收拢的是两万个脑袋。所以这一块，朱由栋直接出了一百万两银子。
再加上他给万历的两百万两，然后加上这几个月给全军换装啥的。一仗就开掉了他三百二十万两银子。饶是朱由栋再怎么土豪，也真的有些痛了。
“哎，得赶紧的推行币制改革、军功计算改革以至于全国的财税制度改革，否则光靠我做生意挣钱，根本打不起几场仗啊！曹三喜，咱们经过这么一折腾，兜里还有多少银子啊？”
“殿下，目前我们可以拿出来用的存银，还有三百万两上下。”
“嗯，吾记得，你以前跟吾说过，大明海贸成立后，特别是福宁镇加大缉私力度后，我们南华宫每年至少有三百万的盈余？”
“是的，不过属下说句冒犯的话，以殿下这么豪爽的风格，说不得哪天属下这里就要入不敷出了。”
“啊~哈哈哈~~”朱由栋不好意思的抠了抠自己的脑袋：“曹掌柜啊，且宽心，短期两三年内，我们应该没有大项支出了。我们得为以后的币制改革准备储备金嘛。这个事情吾是记得的。”
“哎，属下对殿下的德行，嗯，但愿如此吧。”
听出自己的财神爷对自己仍然不满，朱由栋也只好低下头来继续讨饶，两人正半是戏谑半是认真的讨论着经济支出呢，袁可立匆匆的走了过来。
“殿下，刚刚礼部传来消息，说是大宗伯在家中暴毙了。”
“……嗯。”沉吟了一会后，朱由栋长叹了一口气：“我们做事，还是要有底线。所谓祸不及妻儿，为了防止有些官员胡乱拍吾的马屁，咱们得做点姿态出来。”
“是，在下明白了。稍后就亲自去郭府以殿下的名义吊唁。”说完这句话后，袁可立又道：“殿下，大宗伯的位置空出来了，这人选？”
“袁先生这会儿想出仕否？”
“在下暂时没有这样的想法，而且就是要出仕，在下也不想去礼部。”
“那就算了，温先生才刚刚升为侍郎，若是这又让他去接礼部尚书的位置，诸多与此事无关的官员，可能对我们的观感会变得很差。总之，此事我们不参与了。”
“是，在下明白了。殿下在此时仍能自我克制，在下佩服。”
“哪里，还需要袁先生时时提点。”
“殿下。”袁可立又起了一个话题：“方才魏公公派人来过了，说是李恩在慈庆宫抓人，闹得宫里鸡飞狗跳。魏公公这会亲自去慈庆宫阻拦了。”
“胡闹！来人啊，快快备轿，算了，吾自己跑着去吧。”
兴华宫虽然在宫城外，但到底距离也不是很远，朱由栋跑了大概二十分钟，也就迅速的赶到了。然后他就看见老魏在那里气势汹汹的指着李恩的鼻子痛骂。
“行啊，长进了啊，李公公，招呼都不打一声就上慈庆宫闹事？知道这里住的是谁吗？小爷的父亲！母亲！小爷的弟弟妹妹！你是胆儿肥了还是怎么的？小爷你也敢惹？”
“嘿嘿嘿，魏公公，哪有的事。咱家再怎么大胆，也不敢惹小爷生气啊。这不是慈庆宫的掌事王安刚刚在东厂招了么。说是慈庆宫有几个选侍和不少内侍都参与进了离间千岁爷和小爷父子感情的事情里。所以，咱家也只是想来把这些人给提到东厂去问询而已。”
看着魏忠贤在那里把堂堂司礼监掌印太监当孙子训，颇有历史本位面上九千岁风采的样子，朱由栋的眉头皱的更紧了：这一次自己在战场上大胜，在政争上大胜，看来手下的人都有些膨胀了：先是袁可立想要帮温体仁抓礼部尚书的位置，然后是装孙子装了这么久的魏忠贤露出了本性！
行百里者半九十呢，自己以后当了皇帝都可能被人干掉，更何况现在还是个太孙？
“魏忠贤！”
“啊？哎哟，小爷您总算过来了，您快看看吧……”
“跪下！”
“啊？”
“孤！让你给李公公跪下！”
满脸不解的老魏跪下后，朱由栋亲自给李恩作揖：“恩公，吾的下人不懂规矩，以下犯上，得罪了。恩公请放心，此事吾一定给你一个交待。”
“小爷言重了，奴婢是什么人。怎么敢要小爷的交待？魏公公也是一时心急，不当事，呵呵，不当事的。”
看着脸色明显舒缓了的李恩，朱由栋也是松了一口气。然后他抵近李恩，轻声的说道：“这个事情，到王安为止，不要再闹了。”
“是，小爷，奴婢明白了。”
……
1612年4月10日朱由栋回京，并于当日组织阅兵式献于御前，一时燕京百万军民，皆为为国死战之勇士落泪。并为大明诸军镇之军容而震撼。
4月20日，礼部尚书郭正域暴毙于家中。次日，慈庆宫掌事王安不慎落入水井中亡故。
之后不久，皇帝下旨，斥责前段时间上书要求皇太孙好好念书的众臣，更有都察院两名都御史率领部分言官继续对其弹劾。故而被斥责的众臣如杨涟、左光斗等不得不上书请辞。至此，东林党在朝堂中的力量近乎被扫荡一空。
五月初一，皇太孙朱由栋再次离京南下。在临行之前，朱由栋给自己的每一个手下都亲笔提了七个字：行百里者半九十！
......
朱由栋是潇洒的拍拍屁股走了，但是给北京城留下了一地鸡毛。
这里面最惨的就是慈庆宫的朱常洛了。
从郭正域自尽，王安被抓走开始。朱常洛直接闭门谢客，在慈庆宫里谁也不见，日常最喜欢和选侍们为爱鼓掌的活动也完全终止了，茶饭什么的也用的极少。
这样的状态持续了半个多月，连万历也看不过去了：到底还是自己的儿子啊。
然后万历便将朱常洛叫到了自己身边。
父子二人屏退左右后，万历道：“怎么，还没想通透？”
“哎......父皇，儿臣，儿臣真是......”
“哎。”看着精神萎靡，才三十来岁就两鬓斑白的朱常洛，万历长叹了一口气道：“朕以前对你关心、教导太少。所以有些事情，朕都已经转换过来了心态，而你却没有。”
“父皇？”
“自古以来，这皇帝和储君的关系，是极难相处的。在这里面，最难的，是储君。朕十岁即位，感觉还不明显。但张先生和母后当年给朕的……哎，总之，这储君呢，你说不做事吧，皇帝会认为你没用，将来不能承担国家重任。你做事吧，皇帝又觉得你野心大，迫不及待的想上位......如栋儿这样折腾的太孙，按照常理，好像是该稍微抑制一下。所以，你们以为朕会想着暂时削弱栋儿的权柄，然后就做了一些不好的事情。
但是，你们没有想到的是，这种情况，只会出现在那些能够独掌大权，极为强势的帝王身上。比如说，唐太宗，本朝太祖、成祖什么的。而朕，可不是那样的帝王啊。
本朝自仁宗以降，这皇帝慢慢的再也无法独掌权柄。很多时候，朕被文臣们欺负得只有一个人在宫内生闷气。朕这个皇帝，受到的限制太多了......朕自问自己的手腕还算不错都是这个样子了，要是你以后继位，那可怎么应付得了那些臣子？
所以，栋儿抓权，尤其是抓军权，其实朕是乐见其成的。这是为了我朱家的千秋万代着想。朕从未大权独揽过，自然也没有想要把一切都收拢掌控的想法。你们啊，完全用错了心思。”
看着仍然沉默不语的朱常洛，万历暗暗摇了摇头：“且放宽心吧，你要记住，栋儿现在羽翼已成，强行的压制他，若是让他真的狠下心来反击，说不得国家就要大乱。这孩子我是看明白了，就是属犟驴的。你得顺势引导，千万不要强按着他低头......他终究还是讲孝道，讲亲情的。所以，以后只要你对他的种种行事安静的旁观，朕万年之后，你这个皇帝只会比朕前面四十年做得轻松、开心很多！”