神宗皇帝在幼年即位，聪颖早熟，受到母后严格的宫廷教育。辅臣张居正凭借其出众才华，以法制治理国家，政令颁布即刻执行，尤其关注边疆事务。起初，他与高拱共同策划安抚蒙古部落首领俺答，使得宣府、大同以西地区得到安宁。他任命大将戚继光担任蓟镇总兵，谭纶为督抚，所有军事部署和建设皆听从戚继光的意见。戚继光修建城堡、墩台布局精妙，烽火通讯系统完善，且善于混合训练浙江兵与边地兵，形成步骑车混合作战能力，使得外族之敌闻风丧胆，三十年间无人敢侵犯边境。张居正又启用大将李成梁镇守辽东，李成梁英勇善战，经常杀入敌境深处。
当时，国内九边地区安定，地方官员畏惧法律，行政管理接近汉宣帝黄龙年间。然而，张居正性格骄傲且刚愎自用，还为儿子建造豪华宅邸，去世后招致诸多怨恨，最终导致家族遭受祸患。继任的内阁辅臣多因避嫌而不愿担当重任，而皇帝又逐渐长大，更加熟悉政务，不再将权力下放，宽严相济、刚柔并蓄，百姓对此感到满意。而且国库充盈，税收也不苛刻，士大夫们以气节互相推崇，虽然没有姚崇、宋璟（唐玄宗开元盛世时的名相）那样的贤臣辅佐，但当时的情况也不比开元盛世差。然而，随着郑贵妃受宠，神宗皇帝渐显懈怠，临朝次数减少，直到围绕皇位继承问题产生激烈争议，朝堂上党派对立，矛盾激化，形成水火不容之势。当时围绕皇位继承权问题的奏疏充斥朝廷，皇帝对此愈发厌烦，不断贬谪参与争论的大臣，但持论者立场更加坚定。皇帝认为以威势压制不如置之不理，批复奏章日益稀少，最后甚至完全停止临朝，对于祭祀天地等重大典礼不再亲自主持，经筵讲学也长期中断，对官员的升迁不再过问，被弹劾者也不予处置。这是因为皇帝对朝臣普遍失望，认为无人值得倚重，所任用的大臣越来越少，一人往往掌握多个要职，权势更加集中。而且由于皇帝认为言官无可用之才，便对他们的意见置之不理。然而实际情况是，言官们只要一上疏弹劾，不等到皇帝下旨处理，被弹劾的人就会立刻离职而去，自此言官更加肆意妄为。
庸碌无能的内阁首付方从哲独揽朝政，但皇帝似乎对他的无能并不反感，反而安然接受了他的执政。由于内阁辅臣无力主政，监察部门得以操纵朝政，亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等人成为虎豹当关一样的权臣，排斥打压天下贤才，使之几乎殆尽。无论是中央还是地方官员，凡是被选为监察官员的，都不是由内阁决定。原先的监察官员更是借此机会拉拢后辈，壮大自身势力。当时他们最为热衷的就是禁锢、打击道德理学，而对于边防和吏治则完全忽视，贪腐之风日益猖獗，社会风气急剧恶化。
辽东危机爆发后，将领和士兵皆骄纵不堪，无法应对。繁重的赋税使百姓贫困，流寇趁机崛起，朝廷统治土崩瓦解。灾难虽然在天启、崇祯两朝彻底爆发，而其根源早已深埋。到了后来，群臣公然背离公义，一心营私，流寇之患日益严重，党派之间的攻击也愈发激烈。尽管各方言论意见各有长短不同，但世人所称的小人，大多确是真小人，而所谓的君子，却未必真是君子。当时百姓更加贫穷，官员更加腐败，社会风气日益败坏，将领士兵不懂得如何杀敌，只知道残害百姓。文官们不务正业，只知道钻营攀附，即使是励精图治的崇祯皇帝，也无法挽回这一颓势。
唉！一天、两天乃至万天之中都会有无数政务需要处理，怎么可能高枕无忧、轻轻松松地治理好国家呢？明太祖朱元璋每天两次临朝，黎明即起，深夜才睡，并非喜好辛劳。周文王忙到太阳偏西仍顾不上吃饭，实在是不得已。舜帝主张无为而治，只是指的政治理念，并非说无为就是没有繁忙政务。现在竟然有人说万历皇帝因宽松懈怠、不理政务而保得一时太平，崇祯皇帝因过于操切政务而导致天下大乱，这简直是荒谬之谈！