贼军的骑兵都进了京城之内，随意入住各户人家中。各贼军将领看到高门大宅，立刻就闯入占据。刘宗敏占据了外戚田宏的府邸，李牟占据了外戚周奎的府邸。
李自成进入皇宫，问皇帝的所在位置，在宫中大肆搜索了一番，却没找到。负责李自成玉玺的官员卿黎某进言说：皇帝一定藏匿在民间，非重赏严惩，难以找到，找到皇帝是现在的头等大事，不可忽视。于是李自成下令，献出皇帝者，赏万金，封为伯爵，藏匿者诛灭九族。刘宗敏、牛金星又四处出示告示，命令明朝文武百官，次日早晨入朝拜见，各自提前准备自己的履历、身份证明文件等材料，穿着青衣小帽，到他们宅邸报名，不愿意做官想回老家的，听其自便；愿意继续做官的，量才录用；违抗征召的命令不出来做官的，处以死刑；藏匿罪犯的人家，一并受到连坐处罚；禁止民间使用自成等字。贼军先派人到五府六部及各衙门，命令那些官员随从将各自所属的官员报上名来，因此无人能逃脱。
李自成同刘宗敏等数十名人进入皇宫大内，太监杜之秩、曹化淳等率各自的党羽为前导。李自成责备他们说：“你们背叛皇帝献出城池，都应当处死。”杜之秩等人伏地叩首求饶说：“我们能认识到天命如此，所以这样做。”李自成喝斥他们说：“那就饶你们不死。”
又有一种说法说：叛变的太监杜秩亨，挑选太监供李自成使唤，李自成挑选百余人，其余的都遣散了。
内臣献太子
贼军大规模搜捕皇帝、太子、二王，发现太子、定王在太监们的宫外住所，太子被刘宗敏收监关押，定王被李牟收监关押，永王下落不明，贼军封定王为宅安公。太监向李自成献出太子，李自成将太子安置在西宫，封为宋王，太子不愿意屈服。
当初，太子逃到外公周奎府上，周奎却还未起床，太子敲门而不得入，于是逃匿到太监们在宫外的住处，因此被太监献给了李自成。李自成命太子下跪，太子大怒道：“我岂能为你屈膝？”李自成说：“你父亲何在？”太子说：“驾崩于在寿宁宫了。”李自成说：“你家为何失天下？”太子说：“因为误用贼臣周延儒等人。”李自成笑着说：“你也明白。”太子问：“为什么不快点杀我？”李自成说：“你无罪，我岂能随便杀你？”太子问：“如果是这样，听我说几句话，一是不可惊扰我的祖宗陵寝，二是要以皇礼尽快安葬我的父皇母后，三是不可杀害天下百姓。”太子又说：“文武百官最是不忠不义，明日必定会来向你朝贺。第二天，果然有一千三百多名官员前来朝贺。”李自成感叹道：“这些人如此不忠不义，天下怎能不大乱？”于是李自成就产生了肆意杀戮这些人的念头。